L'équipe pédagogique de l’ESM est constituée de professeurs diplômés choisis pour leurs qualités artistiques et pédagogiques, enseignant dans les Conservatoires à rayonnement régional de Dijon, du Grand Chalon, du Grand Besançon ou dans d'autres structures. Dans le cadre du partenariat entre l’ESM et l'Université Bourgogne Europe, les cours de culture musicale sont dispensés par des enseignants du département de musicologie de l'Université Bourgogne Europe. Les professeurs-tuteurs des stages pratiques de pédagogie sont essentiellement issus de la région Bourgogne-Franche-Comté.
