L'équipe pédagogique de l’ESM est constituée de professeurs choisis pour leurs qualités artistiques et pédagogiques, issus des Conservatoires à rayonnement régional de Dijon et du Grand Chalon ou extérieurs à ces conservatoires. Dans le cadre du partenariat entre l’ESM et l'université de Bourgogne, les cours de culture musicale sont dispensés par des enseignants du département de musicologie de l'université de Bourgogne. Les professeurs-tuteurs des stages pratiques de pédagogie sont essentiellement issus de la région Bourgogne-Franche-Comté.
