Après avoir brillamment terminé ses études de flûte à bec en France (notamment auprès de Claire Michon), Clémence Comte se perfectionne auprès de Baldrick Deerenberg, Heiko ter Schegget et Marion Verbruggen à l’École Supérieure des Arts d'Utrecht (Pays-Bas), où elle obtient un diplôme d'enseignante avec distinction en 1992 et un diplôme de concertiste en 1994. Elle effectue parallèlement des études de musicologie et obtient en 1991 dans cette discipline un D.E.A mention Très bien avec les félicitations du jury.

Entre 1990 et 1996, elle fonde trois ensembles de formation différente spécialisés dans des répertoires également différents avec lesquels elle remporte une dizaine de prix lors de concours internationaux. En 2006, après son retour en France, elle crée l'Ensemble Les Alizés, formation très applaudie avec lesquels elle mène à bien des projets qui lui tiennent à cœur (www.ensemblelesalizes.com).
En récital ou au sein de ces différentes formations, elle se produit dans le cadre de nombreuses séries de concerts et festivals prestigieux dans toute l’Europe et au Brésil.
Elle participe à de nombreux enregistrements radiophoniques et télévisés. Sa discographie comprend des enregistrements entre autres pour les labels Zig Zag Territoires, Ligia Digital et Et’cetera.

Passionnée par son instrument sous toutes ses facettes, elle s’intéresse aux répertoires anciens pour flûte à bec mais aussi au répertoire d’aujourd’hui. Dans ce cadre-là, elle travaille avec divers compositeurs, dont Makoto Shinohara, Stefan Thomas et Jean-Marc Weber avec lequel elle crée Tristes Lamentations, commande de l’Etat français en 2006.

Son métier de pédagogue qu'elle exerce parallèlement à son activité de concertiste la passionne tout autant. Depuis 2003, elle est professeur de flûte à bec au Conservatoire à Rayonnement Régional de Besançon et responsable du département de musiques anciennes du même institut. De 2003 à 2016, elle est également chargée de cours au sein de la section de musicologie de l’université de Franche-Comté. Depuis 1994, on lui confie la direction pédagogique de divers stages de musique ancienne.

Clémence Comte est co-fondatrice de la Dutch Pianoforte Foundation et de la Fondation La Primavera avec lesquelles elle organise annuellement de 1995 à 2005 des séries de concerts à Utrecht, Leyde et Amsterdam (Pays-Bas). En 2006, elle fonde notamment avec Arthur Schoonderwoerd le Festival de Besançon/Montfaucon dont elle est co-directrice artistique jusqu'en 2014.